Ergens in de vijfde of vierde eeuw v. Chr. scheidden de Samaritanen zich na een lange, verbitterde godsdienstige en culturele worsteling af van de Joden. Het ligt in de lijn der verwachting dat de Samaritanen ten tijde van de breuk de Schrift in zijn toenmalige vorm hebben meegenomen, waarna ze een eigen herziene versie van de tekst van de Pentateuch opstelden. De Samaritaanse Pentateuch is geen versie in de strikte zin van het woord, maar eerder een alternatief handschrift van de Hebreeuwse tekst. Het bevat de vijf boeken van Mozes en is geschreven in een oude vorm van het Hebreeuwse schrift. Ook enkele van de oudere Bijbelhandschriften van Qumran gebruiken dit schrift, aangezien het in de tweede eeuw v. Chr. nieuw leven werd ingeblazen ten tijde van de Maccabeese opstand tegen de Grieken. Tekstcriticus Frank M. Cross jr. is van mening dat de Samaritaanse Pentateuch waarschijnlijk uit de tijd van de Maccabeeën stamt.
Een vorm van de Samaritaanse Pentateuch lijkt bekend te zijn geweest aan de kerkvaders Eusebius van Caesarea (ca. 265-339) en Hiëronymus (ca. 345-419). Pas in 1616 kwam hij ter beschikking van westerse geleerden, toen de ontdekking van een handschrift van de Samaritaanse Pentateuch door Pietro della Valle in Damascus een golf van opwinding veroorzaakte onder de Bijbelgeleerden. De tekst werd als superieur aan de Masoretische tekst beschouwd, tot Wilhelm Genesius hem in 1815 als zo goed als waardeloos voor de tekstkritiek afschreef. Later werd de Samaritaanse Pentateuch weer in ere hersteld door geleerden als A. Geiger, Kahle en Kenyon.
Geen enkel overgeleverd handschrift van de Samaritaanse Pentateuch is ouder dan de elfde eeuw. De Samaritaanse gemeenschap beweert dat één van de rollen geschreven werd door Abisai, de achterkleinzoon van Mozes, in het dertiende jaar na de inname van Kanaän, maar deze bewering heeft zo weinig gezag dat ze rustig terzijde geschoven kan worden. De oudste codex van de Samaritaanse Pentateuch bevat een notitie van zijn verkoop in 1149-1150, maar het handschrift zelf is veel ouder. Een andere, gedateerd rond 1232, wordt bewaard in de openbare bibliotheek van New York.
De Samaritaanse Pentateuch wijkt op ongeveer zesduizend punten, merendeels triviaal, af van de Masoretische tekst. In ongeveer negentienhonderd gevallen stemt de Samaritaanse tekst overeen met de Septuaginta, tegenover de Masoretische tekst. Sommige van de afwijkingen werden bewust aangebracht door de Samaritanen, om hun eigen godsdienstige overleveringen en taalgebruik in stand te houden. De Masoretische tekst is een voortzetting van het dialect en de tradities van de Judeeërs.
Het is interessant dat de Samaritaanse Pentateuch geschreven is in een oudere vorm van het Hebreeuwse schrift dan de Masoretische Bijbel en de Joods-Hebreeuwse literatuur in het algemeen. Ergens rond 200 v. Chr. werd dit oudere 21 “paleo-Hebreeuwse” schrift door de Joden vervangen door het Aramese of “vierkante” alfabet. Een aantal van de oudere Bijbelhandschriften van Qumran vertonen dit schrift nog steeds. Het paleo-Hebreeuwse schrift heeft dezelfde stijl als het schrift dat gevonden werd op de Moabitische Steen, de Siloam-inscriptie en de Lachis-brieven, maar het schrift van de Samaritanen is een ornamentelere bewerking daarvan. (Bruce, BP, 120)
Paul Enns zegt over de Samaritaanse Pentateuch dat deze “een waardevolle getuige van de tekst van het Oude Testament” is. (Enns, MHT, 174) De tekst is heel nuttig voor het vaststellen van tekstuele lezingen. Bruce zegt dat “de variatie tussen de Samaritaanse Pentateuch en de Masoretische uitgave [916 n. Chr.] van deze boeken verwaarloosbaar is vergeleken met hetgeen waarin ze wel overeenstemmen.” (Bruce, BP, 122)
Sir Frederick Kenyon stelt dat waar de LXX en de Samaritaanse Pentateuch overeenkomen tegenover de Masoretische tekst, “zij de oorspronkelijke lezing vertegenwoordigen”, maar dat waar de LXX en de Masoretische tekst tegenover elkaar staan, het mogelijk is dat soms de een gelijk heeft en soms de ander, maar dat het in alle gevallen gaat om een verschil van interpretatie, en niet van tekst.
